มีพันธกิจในการพัฒนาและดำเนินการ ระบบรับส่งตัวอย่าง ระบบรายงานผลการตรวจวิเคราะห์ การจัดทำฐานข้อมูลการเฝ้าระวังโรคทางห้องปฏิบัติการแห่งชาติ และการเตรียมความพร้อมหน่วยปฏิบัติการพิเศษที่สามารถปฏิบัติงานในสถานการณ์การระบาดของโรคและสถานการณ์ฉุกเฉิน

      การดำเนินงานของศูนย์จะปฏิบัติตามมาตรฐานของระบบคุณภาพของสถาบัน เพื่อเป็นส่วนสำคัญในการเพิ่มศักยภาพของสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุขในภารกิจด้านการแพทย์ และสาธารณสุขของประเทศ