แบ่งงานภายในเป็น 3 หน่วยงานย่อยดังนี้

1.งานรับตัวอย่างและงานสนับสนุนการตรวจวิเคราะห์

1. พัฒนาและให้บริการ การรับตัวอย่างสิ่งส่งตรวจให้เป็นไปอย่างมี
   ประสิทธิภาพทั้งในสถานการณ์ปกติ และฉุกเฉิน
2. ปฏิบัติการสนับสนุนหน่วยงานสถานการณ์ทั้งภายในและภายนอกสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุขในสถานการณ์การระบาดของโรค และสถานการณ์ฉุกเฉิน

2. งานประสานงานการเฝ้าระวังโรคทางห้องปฏิบัติการ

1. ประสานกับหน่วยงานภายในและภายนอกสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข
2. รวบรวมข้อมูลจากการเฝ้าระวังของหน่วยงานภายใน และโครงการเฝ้าระวังของสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข รวมถึงข้อมูลการเฝ้าระวังของหน่วยงานภายนอก, วิเคราะห์, แปลผลและเผยแพร่ผลการเฝ้าระวังทางห้องปฏิบัติการเพื่อเป็นข้อมูลทางการแพทย์และสาธารณสุข
3. พัฒนาระบบเทคโนโลยีสารสนเทศเกี่ยวกับข้อมูลการเฝ้าระวังทางห้องปฏิบัติการ
4. วิจัยและพัฒนาระบบประสานงานการตรวจวิเคราะห์ทางห้องปฏิบัติการแห่งชาติ สำหรับโรคไข้หวัดใหญ่ โรคระบาดอื่น ๆ และภัยพิบัติแห่งชาติ
5. วิจัยและพัฒนาในโครงการที่เป็นภารกิจเร่งด่วน

3. งานรายงานผลและงานลูกค้าสัมพันธ์

1. พัฒนาและให้บริการระบบรายงานผลทั้งในกรณีปกติและกรณีเร่งด่วน
2. ประสานงานหน่วยงานภายในและภายนอกเกี่ยวกับการให้ข้อมูลการตรวจ การรับตัวอย่าง การรายงานผล และอื่น ๆ
3. พัฒนาการให้บริการแก่ลูกค้าของสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข ให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ
   

งานรับตัวอย่างและงานสนับสนุนการตรวจวิเคราะห์

      - พัฒนาและให้บริการการรับส่งสิ่งส่งตรวจ ทั้งในสถานการณ์ปกติ กรณีเร่งด่วน ทั้งในและนอกเวลาราชการ

      - ปฏิบัติการสนับสนุนหน่วยงานสถานการณ์ทั้งภายในและภายนอกสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข ในสถานการณ์การระบาดของโรค และสถานการณ์ฉุกเฉิน

งานประสานงานการเฝ้าระวังโรคทางห้องปฏิบัติการ

หน่วยประสานงาน
      - ประสานกับหน่วยงานภายในและภายนอกสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข

หน่วยฐานข้อมูล
       - รวบรวมข้อมูลจากการเฝ้าระวังของหน่วยงานภายใน และโครงการเฝ้าระวังของสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข รวมถึงข้อมูลการเฝ้าระวังของหน่วยงานภายนอก, วิเคราะห์, แปลผลและเผยแพร่ผลการเฝ้าระวังทางห้องปฏิบัติการเพื่อเป็นข้อมูลทางการแพทย์และสาธารณสุข

งานรายงานผลและงานลูกค้าสัมพันธ์

หน่วยเจ้าหน้าที่และสารบรรณ
      - ดำเนินงานระบบงานเจ้าหน้าที่และสารบรรณของศูนย์ประสานงานฯ

หน่วยรายงานผล
      - พัฒนาและดำเนินงานระบบรายงานผลทั้งในกรณีปกติและกรณีเร่งด่วน

หน่วยบริการลูกค้าสัมพันธ์
      - ประสานงานหน่วยงานภายในและภายนอกเกี่ยวกับการให้ข้อมูลการตรวจ
การรับตัวอย่าง การรายงานผล และอื่น ๆ
      - พัฒนาการให้บริการแก่ลูกค้าของสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข

หน่วยบริการสุขภาพ
      - ดำเนินการระบบบริการสุขภาพบุคลากร ให้บริการด้านการแพทย์และตรวจรักษาโรค ทั้งในด้านการส่งเสริมสุขภาพ การป้องกันควบคุมโรค การฟื้นฟูสุขภาพ การเฝ้าระวังโรคและอุบัติเหตจากการปฏิบัติงานของบุคลากร รวมถึงการบริการด้านการแพทย์ฉุกเฉิน

หน่วยพัสดุและการเงิน
      - ดำเนินงานด้านบริหารพัสดุ และงานการเงินของศูนย์ประสานงานฯ